Bataljonen är en del av Hemvärnet och innehåller en bataljonsstab med ledningspluton, två stycken bevakningskompanier, ett insatskompani, samt en båtpluton. Dessutom har bataljonen en flyggrupp.
Bataljonen administreras av Gotlandsgruppens som är en av två utbildningsgrupper vid Amfibieregementet och är grupperad på före detta P 18:s område på Visborgsslätt i Visby. Chefen för Gotlandsgruppen är direkt underställd chefen för Amfibieregementet. Gotlandsgruppens viktigaste uppgifter är att planera och genomföra utbildning av de gotländska hemvärnsförbanden samt stödja de frivilliga försvarsorganisationerna. Gruppen har även till uppgift att stödja Fårö kursgård samt Sjövärnsgården på Hoburgen under sommarens centrala kursverksamhet.