Myndighetens högsta chef är överbefälhavaren, med generaldirektören som ställföreträdande. Överbefälhavaren och generaldirektören ingår i Försvarsmaktsledningen som samordnar Försvarsmaktens verksamhet. 

Den operativa verksamheten leds av produktionsledningen och insatsledningen. Dessa är en del av Högkvarteret, där också Must (Militära underrättelse- och säkerhetstjänsten) ingår.

Produktionsledningen ansvarar för drift och utveckling av krigsförband, skolor och andra enheter. Uppgiften är att se till att Försvarsmaktens grundorganisation är välfungerande med rätt utrustning och rätt utbildning.

Chefen för produktion kan delegera ansvaret för delar av denna uppgift till regements- och flottiljchefer.

Produktionsledningen tar också hand om beställningar av materiel från Försvarets materielverk, FMV.

Insatsledningen leder arbetet med att övervaka det svenska territoriet varje minut, timme och dygn – året runt. När en kränkning upptäcks agerar krigsförband i beredskap, som genomför en insats och då lyder under chefen för insatser vid insatsledningen. 

Vid varje insats som genomförs, i Sverige och utomlands, tar insatsledningen befälet över en viss del av krigs- och hemvärnsförbanden. Det kallas att insatsledningen ansvarar för insatsorganisationen. 

Must bedriver dels försvarsunderrättelseverksamhet till stöd för svensk utrikes-, säkerhets- och försvarspolitik, dels militär underrättelse- och säkerhetstjänst för Försvarsmaktens behov.