bataljonstaben
I staben planeras och leds hela bataljonens verksamhet. I staben finns sektioner med inriktning på personaltjänst, underrättelsetjänst, genomförande, logistik, planering/träning och samband/ledning. Respektive sektion består av officerare, specialistofficerare och soldater, alla med olika spetskompetenser och bakgrunder. Bataljonsstaben är förlagd vid Livgardet, i Kungsängen strax utanför Stockholm.
131:A säkerhetsskvadronen mark
131:a säkerhetsskvadronen består av en skvadronsstab, tre säkerhetsplutoner, en spaningspluton samt en stab- och trosspluton. Skvadronen löser ett brett antal uppgifter kopplat mot de fem generiska säkerhetshoten: kriminalitet, terrorism, sabotage, subversion och främmande underrättelseverksamhet.
På skvadronen finns ett antal officers- och specialistofficersbefattningar, bland andra skvadronchef och ställföreträdande skvadronchef, stridsledningsofficer, teknisk chef, kvartermästare och plutonchef. Det finns också ett stort antal soldatbefattningar, beroende på vilken pluton som avses, bland annat gruppchef, hundförare, ledningssoldat, skoterförare, prickskytt och stabsassistent. Majoriteten av skvadronens personal är även militärpoliser. Befattningarna kräver olika erfarenhet och utbildning, vilket gör skvadronen till en utmärkt plats att växa och utvecklas inom, för så väl officer som soldat.
Skvadronen är till huvuddel förlagd i Kungsängen strax utanför Stockholm. Men en av säkerhetsplutonerna, 315:e säkerhetsplutonen, är förlagd vid Luftstridsskolan i Uppsala och utgör flygvapnets bidrag till 13:e säkerhetsbataljonen.
132:a säkerhetskompaniet sjö
132:a säkerhetskompaniet sjö är marinens del av 13:e säkerhetsbataljonen och är förlagda vid Amfibieregementet i Göteborg.
133:e stab- och funktionsskvadronen
133:e funktionsskvadronen består av en stab- och trosspluton som huvudsakligen betjänar bataljonsstaben, en kriminalteknisksäkerhetsutredningspluton (KTSU-pluton) samt en fältsäkerhetspluton (FSÄK). KTSU-plutonen arbetar internationellt såväl som nationellt och genomför huvudsakligen utredning/exploatering av platser och materiel i syfte att inhämta information som kan analyseras och bearbetas till underrättelser. FSÄK har till uppgift att inhämta information som sedan analyseras och bedöms av plutonen. Utifrån analyserad information rekommenderar plutonen säkerhetsskyddsåtgärder eller vidare åtgärder för säkerhetsunderrättelseinhämtning.