Vid övning och operationer regleras genomförandet i orderverk. I dessa orderverk regleras miljö i ett miljöannex som i detalj beskriver deltagande förband och enheters ansvar, markägarhantering, restriktioner, hantering av avvikelser och skador, drivmedel- och kemikaliehantering, avfallshantering och återställning av markskador. På detta sätt ser myndigheten till att miljöhänsyn tas och att miljöpåverkan kan minimeras och arbetet utgår ytterst från lagar och förordningar. Försvarsmakten säkerställer att miljökompetens finns tillgänglig inför, under och efter övningar och operationer.
För att ha en möjlighet att anpassa och planera sin övnings- och operationsverksamhet i tid och rum vid marina eller kustnära övningar har Försvarsmakten tagit fram en marinbiologisk kalender som täcker svenskt territorium. Genom denna kan myndigheten minska risken för störning eller skador på känsliga naturvärden.