Kompaniet har också god förmåga att lösa stridsuppgifter, både genom kvalificerad indirekt bekämpning och genom direkta stridsinsatser.
Kustjägarkompaniet är anpassat för att lösa uppgifter främst i skärgårdsområden, flod- och sjösystem och deltaområden. Kompaniet är anpassat för att kunna arbeta i små enheter på långa avstånd från övriga förband. Det ställer speciella krav och är dimensionerande för både förbandets sammansättning och resurser till exempel vad gäller funktioner som sjukvård, underhåll och ledning.
Enheterna i Kustjägarkompaniet är kompaniledning, attackdykarplutonen, kustjägarplutonen och stabsplutonen. I stabsplutonen ingår verkansdelarna prickskyttegruppen och samverkansgruppen samt de kvalificerade stödenheterna FRT (lätt traumagrupp), DSG (driftstödsgrupp), en JTAC (leder insatser med flyg) och en stridsledningsgrupp. Förutom olika båttyper och fordon som kompaniet disponerar finns på attackdykarplutonen också möjligheten att transportera sig dolt genom dykning. Övriga delar i kompaniet har förmågan att transportera sig genom ytsim.
Det ställs mycket höga krav på personalen, bland annat vad gäller psykisk stabilitet, omdöme och fysisk prestationsförmåga.