Utöver plutonerna finns vid kompaniet en kompaniledning och en hundsektion som ansvarar för utveckling, utbildning och vidmakthållande av förbandets explosivämnessökande hundekipage.
EOD-grupperna vid EOD-pluton, löser kvalificerade ammunitionsröjningsuppgifter som understöd till, och i samverkan med andra förband. Grupperna är utrustade med både lätt och tung kvalificerad uppgiftsanpassad utrustning.
Avancerad sökpluton är specialiserad på att lösa olika typer av högrisksök i alla typer av miljöer. De avancerade sökgrupperna och explosivämnessökande hundekipage utgör grunden, men nära samarbete med andra enheter är en naturlig del vid lösandet av uppgifter.
Kompaniet genomför regelbundet insatser i tillfälligt sammansatta enheter och ofta i samverkan med andra förband. Internationella insatser är en del av kompaniets normala verksamhet.
Swedec hundavdelning är placerad vid EOD- och sökkompaniet. Hundavdelningen stödjer främst Avancerad sökpluton med träning och vidmakthållande samt de löpande funktionskontrollerna av de explosivämnessökande hundekipagen. Dessutom har avdelningen ansvar för de olika träningsanläggningarna och resurserna som krävs för att träna explosivämnessökande hundekipage.