Tio år senare, 1994, sammanfördes Förvaltningsskolan som då bytt namn till Förvaltningshögskolan med Militärhögskolan, och som sedermera blev Försvarshögskolan. Enheten i Östersund var en del av Managementinstitutionen vid Försvarshögskolan och kom alltså i och med denna förändring att sorteras under en annan försvarsmyndighet.
Efter diverse organisationsförändringar och skolreformsutredningar i slutet av 1990- talet, ändrades återigen benämningen från Managementinstitutionen till, Institutionen för ledarskap och management i Östersund. Institutionen hade förutom i Östersund även verksamhet i Karlstad och Stockholm.
Efter beslutet om att utbildningen inom fackprogrammet skulle upphöra, förändrades förutsättningarna för, Institutionen för ledarskap och management. De fristående kurserna hos Försvarshögskolan, fick en annan finansierings- och beställningsform än fackprogrammet som var en beställning från Försvarsmakten. Den osäkerhet som detta medförde, gjorde att Försvarshögskolan (som är intäktsfinansierade), inte kunde säkerställa lönemedel för personalen i Östersund.
För att trygga personalförsörjningen av specialister och fackmän inom managementområdet, togs därför ett beslut i juni 2004 att ansvaret för utbildning av specialister och fackmän i Östersund skulle överföras till Försvarsmakten och Militärhögskolan Östersund. Enheten fick namnet: Managementenheten.
Ett nytt kapitel inleddes i december 2004 då försvarsbeslutet bland annat innebar att Östersunds garnison, inklusive Militärhögskolan Östersund skulle läggas ner. För Managementenhetens del innebar detta dock ingen reell nedläggning, utan istället en överföring och flytt till Militärhögskolan Karlberg. Omorganisationen var formellt genomförd 2005-07-01, i och med omlokaliseringen kom utbildningen tillbaka till samma kommun (Solna), där allt hade börjat en gång i tiden. Managementenheten grupperades på Karlbergsområdet i det så kallade, Gamla Mässen på Karlbergsområdet.