Högkvarteret utgörs av ledningar, staber och avdelningar med olika ansvarsområden. De olika enheterna arbetar med både praktiska och strategiska frågor och leder verksamheten ute på förbanden.
I ledningsstaben samlas funktioner som hanterar övergripande strategiska frågor och sådant som ekonomistyrning och planering av myndighetens verksamhet. Chefen för ledningsstaben är också chef för förbandet Högkvarteret.
Produktionsledningen, insatsledningen och militära underrättelse- och säkerhetstjänsten, Must, hör också till Högkvarteret, liksom avdelningar som utövar tillsyn och kontroll av Försvarsmaktens verksamhet – Försvarsinspektören för hälsa och miljö, internrevisionen, säkerhetsinspektionen och militära flyginspektionen.
Förbandet Högkvarteret skapades år 1994 genom en omorganisation av Försvarsmaktens ledning. Innan dess hette dess motsvarighet Försvarsstaben.
Förutom i huvudbyggnaden på Lidingövägen har Högkvarteret personal på andra platser, bland annat på Gärdet och Östermalm i Stockholm.