Inom området för miljö- och hälsoskydd har Försvarsinspektören även ansvar för tillsyn över den verksamhet som bedrivs av Försvarets materielverk, Fortifikationsverket och Försvarets radioanstalt.
Tillsyn och kontroll innebär en självständig granskning av att gällande lagstiftning följs. När Försvarsinspektören utövar sin tillsyns- och kontrollfunktion är han därför inte underställd överbefälhavaren.
Varje år genomför Försvarsinspektören för hälsa och miljö omkring tio inspektioner och cirka 400 tillsyns- och kontrollbesök på garnisoner, förband, anläggningar och övningar, både i Sverige och på platser där Försvarsmakten verkar internationellt.
Försvarsinspektören för hälsa och miljö utses av regeringen. Nuvarande försvarsinspektör heter Pierre Campenfeldt. På tillsynsavdelningen arbetar administrativ handläggare, läkare, sjuksköterska, veterinärer, miljö- och hälsoskyddsinspektörer, livsmedelsinspektörer, jurist och avdelningschef.