Vår främsta uppgift är att förse Försvarsmakten med helikopterresurser som kan användas både vid uppdrag till sjöss eller på land, i Sverige och utomlands. Vi är också ett stöd till armén, marinen och övriga flygvapnet i deras uppdrag. Flottiljen utbildar också två hemvärnsbataljoner. Dessutom är vi till hjälp för det civila samhället vid krissituationer, till exempel vid eftersökning av försvunna personer eller vid bränder.
Helikoptrarna är mångsidiga och förbandet kan därför utföra många typer av uppdrag i alla väderförhållanden, dag som natt. De är därför viktiga vid Försvarsmaktens internationella insatser. I Afghanistan användes helikoptrarna för transporter av skadade och sjuka. Vid Sveriges insats i Adenviken utförde exempelvis helikopterflottiljens personal spaningsuppdrag som att söka upp pirater för att förhindra attacker mot fartyg.
Helikoptrarna kan även till exempel användas vid räddningsuppdrag som att lyfta upp nödställd personal från farliga områden med hjälp av vinschar eller genomföra materieltransporter.