Helikopterflottiljens uppgift är att förse Försvarsmakten med helikopterresurser som kan användas både vid uppdrag till sjöss eller på land, i Sverige och utomlands. I Sverige är Helikopterflottiljen främst ett stöd till armén, marinen och övriga flygvapnet i deras uppdrag. Dessutom hjälper flottiljen det civila samhället vid krissituationer, till exempel vid eftersökning av försvunna personer eller vid bränder och står i beredskap för att hjälpa polisen med transporter.
Helikopterflottiljen verkar över hela landet och är baserad från norr till söder med en skvadron i Luleå som flyger helikopter 14, två skvadroner i Linköping som flyger helikopter 15 och 16 och en i Ronneby som flyger helikopter 14 och 15 i marin miljö. I Linköping där flottiljen ansvarar för Malmens flygfält finns också flottiljstaben, en basbataljon samt ytterligare stödfunktioner.
Helikoptrarna är mångsidiga och förbandet kan därför utföra många typer av uppdrag i alla väderförhållanden, dag som natt. Från ubåtsjakt till sjuktransporter, bära last i och under helikoptern eller hämta ut soldater från fientligt område. Basenheten kan upprätta och försvara tillfälliga landningsplatser i terrängen där också reparationer och underhåll kan genomföra av teknisk personal. Många yrkeskategorier behövs i det dagliga arbetet och alla är viktiga så att Helikopterflottiljen kan bidra till ett starkare försvar.