Fjärde sjöstridsflottiljen har till uppgift att upprätthålla och utveckla Försvarsmaktens förmåga inom sjöstrid. I fredstid övar flottiljen på sin krigsuppgift, att försvara Sveriges territorium och svenska intressen. Flottiljen övervakar svenskt sjöterritorium, genomför underrättelseinhämtning, röjer minor samt skyddar havsområden, sjövägar och sjöfart.
Flottiljen har sin bas i Berga söder om Stockholm och i Skredsvik vid Gullmarsfjorden på Bohuskusten där Röjdykardivisionen är lokaliserad. Flottiljen består av fyra divisioner och en flottiljstab som leder och planerar flottiljens arbete.
41:a korvettdivisionen kan övervaka stora havsytor och luftrum samtidigt som de är utrustade med vapensystem för att klara av att hantera hot från luft, yta och under vatten. Fartygen kan lösa en mängd olika uppgifter som ytstrid, ubåtsjakt och försvar mot stridsflygplan.
42:a minröjningsdivisionen har till uppgift att söka efter explosiva föremål under vattenytan och oskadliggöra dem. För att lösa huvuduppgiften använder man sig av sonarer, undervattensfarkoster och röjdykare. Varje år genomförs minröjningsoperationer där man röjer minor som hittats från de båda världskrigen.
43:e underhållsdivisionen förser övriga divisioners fartyg med till exempel mat, drivmedel och reservdelar. Underhållsdivisionen har ett stödfartyg samt lastbilar för att stödja stridsfartygen både till sjöss och från landsidan.
44:e röjdykardivisionen arbetar med att hitta och oskadliggöra oexploderad ammunition under vatten. Röjdykardivisionen kan även utföra minröjning på land och deltar regelbundet i internationella insatser.