Unmis uppgift var att övervaka fredsavtalet som slöts mellan den sudanesiska regeringen och rebellrörelsen SPLM/A (Sudanese People's Liberation Movement/Army) i januari 2005 efter ett 21 år långt krig som kostade två miljoner människoliv. Under hösten 2006 bestod Unmis av 8727 soldater, 695 militärobservatörer, 186 stabsofficerare och 666 poliser.
De svenska stabsofficerarna arbetade vid den högsta militära instansen som förberedde förhandlingarna mellan parterna. Militärobservatörerna arbetade i grupper om fyra till sju officerare vars uppgift var att övervaka och kontrollera de olika styrkornas gruppering och utveckling. De samlade även in information om civilbefolkningens situation.
Unmis var till stor del en integrerad insats där militärer och civila specialister arbetade i många funktioner sida vid sida. Insatsen avlutades 9 juli 2011 och ersattes av Unmiss när den nya republiken Sydsudan utropades.