Flottiljen har förmåga att kontrollera havsområden, sjövägar och sjöfart, göra insatser mot yt-, luft- och undervattensmål, samt röja minor i hamnområden, kustnära farvatten och på öppet hav.
Fjärde sjöstridsflottiljen bidrar också löpande med personal till internationella insatser, bland annat i Afghanistan – långt från kust och hav.