Inom Högkvarteret finns bland annat produktionsledningen, insatsledningen och den militära underrättelse- och säkerhetstjänsten (Must). Produktionsledningen ansvarar för produktionen av Försvarsmaktens krigsförband genom att leda basorganisationen, skolor och centrum. Produktionsledningen ansvarar också för beställningar av materiel via Försvarets materielverk, FMV. Must bedriver dels försvarsunderrättelseverksamhet till stöd för svensk utrikes-, säkerhets- och försvarspolitik, dels militär underrättelse- och säkerhetstjänst för Försvarsmaktens behov.

Insatsledningen övervakar det svenska territoriet året runt, dygnet runt, samt leder insatser nationellt och internationellt med krigsförband. Den territoriella integriteten upprätthålls med krigsförband i beredskap.

Krigsförbanden lyder under chefen för insats vid insatser. Krigsförbanden är underställda chefen för produktion för vidmakthållande, utveckling och beredskap. Chefen för produktion kan delegera till basorganisationens regements- och flottiljchefer att leda krigsförbandschefer avseende vidmakthållande och utveckling av krigsförband. 

Produktionsledningen ansvarar för Försvarsmaktens grundorganisation, det vill säga alla förband, skolor och centrum samt Högkvarteret. Uppgiften är att se till att grundorganisationen är utrustad, utbildad och välfungerande. Vid insatser tar insatsledningen befälet över en viss del av organisationsenheterna, krigs- och hemvärnsförbanden. Det kallas att insatsledningen ansvarar för insatsorganisationen. När krigs- och hemvärnsförbanden inte utför insatser lyder de under produktionsledningen. Must ansvarar för militär underrättelseverksamhet och säkerhetstjänst.