Högkvarteret är placerat i huvudstaden Juba. Totalt tio bataljoner är grupperade i landet med tyngdpunkt i de nordöstra delarna. Det svenska bidraget i missionen består för närvarande tre samverkansofficerare (Military Liaison Officers - MLO) och två stabsofficerare vid högkvarteret i Juba.

Insatsen grundar sig på fyra resolutioner i FN:s säkerhetsråd (resolution 1996, 2046, 2057 och 2155) och är en kapitel VII-insats enligt FN-stadgan, det vill säga inskridande i händelse av hot mot freden, fredsbrott och angreppshandlingar. Kapitel VII-insatser betraktas som FN:s kraftfullaste medel i strävan efter internationell fred och säkerhet.

Under 2013 ökade de interna politiska spänningarna som den 15 december kulminerad i interna strider. Det finns nu två parter i Sydsudan, SPLA och SPLA In Opposition, SPLA IO. Detta har inneburit att Unmiss inte genomför något aktivt stöd till SPLA avseende reformarbete eller kapacitetsbyggande. Striderna innebar att ett stort antal flyktingar sökte skydd på FN-baserna i Juba, Malakal och Bentiu.

FN beslutade om nytt mandat for Unmiss i Resolution 2155 den 27 maj 2014. Det nya mandatet fokuserar på skydd av civila med särskilt skydd för kvinnor och barn, övervakning och undersökning av brott mot de mänskliga rattigheterna, att skapa förutsättningar for humanitära insatser samt stöd till implementering av Cessation of Hostilies Agreement.

FN-verksamheten är fullt integrerad, vilket innebär att de militära samverkansofficerarna bildar integrerade team med FN:s civilpoliser, representanter från andra FN-organ som exempelvis FN:s flyktingkommissariat UNHCR, World Food Programme och FN:s sekretariat för mänskliga rättigheter OCHA. Teamen bor och arbetar ute i landet i de tio delstatshuvudstäderna och i 35 baser, County Support Bases. I uppgifterna ingår bland annat att, etablera ett "Early Warning"-system, stödja och undersöka hur mänskliga rättigheter följs, skydda civilbefolkningen, och samverka SPLA och SPLA IO.

Insatsen är under utvidgning till 12 500 militärer, 1 320 civilpoliser samt civil personal som beslutades om i FN-resolution 2155. Förutom infanteribataljonerna ingår även tre fältsjukhus, fyra ingenjörkompanier samt ett antal flygplan och helikoptrar som är inhyrda civila kontraktorer.

Befolkningen i Sydsudan består till stora delar av nomadiserande stammar av boskapsskötare vilket starkt präglar kulturen. Omfattande boskapsstölder med inslag av dödligt våld är vanliga och dessa kan snabbt skapa flyktingströmmar inom landet. Det lilla som odlas går främst till självhushållning då den nästan obefintliga infrastrukturen omöjliggör vägtransporter under regnperioden. Endast cirka 200 kilometer väg är asfalterad och landets yta är cirka 1,5 gånger större än Sverige. Sydsudan har stora naturtillgångar i form av bland annat olja vilket ger förutsättningar för en snabb utveckling av landet.