I Högkvarteret finns överbefälhavaren (ÖB) och generaldirektören (GD), vilka för närvarande har ungefär 1 000 medarbetare – både officerare och civila experter.
Högkvarteret (HKV) utgörs av ledningsstaben, produktionsledningen, insatsledningen, militära underrättelse- och säkerhetstjänsten, juridiska staben, personalstaben och informationsstaben. En utredning pågår i syfte att ytterligare effektivisera arbetsformerna, och organisationen, i HKV.
Ledningsstaben
Chefen för ledningsstaben är även chef för Högkvarteret och tillika ÖB:s stabschef. Den militära förkortningen för befattningen lyder C LEDS (chef för ledningsstaben). I rollen som chef för Högkvarteret stöds denne av en ställföreträdande chef för högkvarteret, tillsammans med en administrativ HKV-avdelning.
Inom ledningsstaben finns bland annat funktioner för strategisk planering och ekonomistyrning. Avdelningarna benämns Utveckling (UTV), Strategi (STRA), Verksamhetsutveckling (VHU), Ledning (LED), Internationell (INT) och Chief Information Officer (CIO).
Ledningsstabens chef har vittgående ansvar och befogenhet, exempelvis när det gäller internationell samverkan och internationella överenskommelser. C LEDS är en trestjärnig general (generallöjtnant). Enbart ÖB har ytterligare en stjärna och tituleras general. I Högkvarteret finns ytterligare två trestjärniga generaler. De är chefer för Produktionsledningen (C PROD) respektive Insatsledningen (C INSATS).
Produktionsledningen
Produktionsledningen svarar, kort sagt, för att insatsledningen (nedan) har alla resurser som kan efterfrågas för en insats inom eller utanför landets gränser. Det handlar om allt från rekrytering och utbildning av värnpliktiga och officerare, till anskaffning och utveckling av materiel - vapen, fordon, fartyg, flygplan med mera.
Insatsledningen
Insatsledningen svarar för genomförandet av verksamheten, på uppdrag eller order av ÖB, inom eller utom landet. Det handlar om att planera, leda och följa upp insatser. I insatsledningen under C INSATS finns de taktiska cheferna, tillika inspektörerna, för armé- marin- och flygstridskrafterna.
Insatsledningen ska, med underlag från den militära underrättelse- och säkerhetstjänsten (MUST) följa omvärldsutvecklingen och samordna övervakningen av svenskt territorium i syfte att "…Försvarsmakten ska kunna hävda Sveriges territoriella integritet och kunna försvara Sverige mot väpnat angrepp i enlighet med regeringens krav på operativ förmåga"*
Militära underättelse- och säkerhetstjänsten
Militära underrättelse- och säkerhetstjänsten (MUST) är en del av Högkvarteret och stödjer Försvarsmakten med omvärldsbevakning och underlag inför beslut om förmågeutveckling, internationella insatser och övningsverksamhet. Säkerhetstjänsten tillvaratar Försvarsmaktens och vissa andra myndigheters säkerhetsintressen. Den bedömer hot och beslutar om eller vidtar säkerhetsskyddsåtgärder rörande personal, materiel, information, anläggningar, IT-system och verksamhet. MUST har även ett rapporteringsuppdrag från regeringen.
Andra funktioner i Högkvarteret
I Högkvarteret finns även personaldirektören med stab, ekonomidirektören med stab, chefsjuristen (CJUR) med stab liksom informationsdirektören och medarbetarna på informationsstaben, INFOS. Även internrevisionen (REV), säkerhetsinspektionen (SÄKINSP) och generalläkaren (GL) har adress Högkvarteret.
Generaldirektören
Generaldirektören, som inledningsvis nämndes tillsammans med ÖB, är ställföreträdande chef för Försvarsmakten och därmed den högst placerade civila befattningshavaren. En av GD:s många arbetsuppgifter är att utveckla och effektivisera inte bara Högkvarterets, utan också hela Försvarsmaktens verksamhet.
*Citat ur Försvarsmaktens föreskrifter med arbetsordning (FM ArbO)