En av Försvarsmaktens huvuduppgifter är territoriell integritet. Sjöinformationskompaniet är en viktig del i övervakningen av Sveriges sjöterritorium. Man arbetar också med operativ sambandsledning som innebär att information förmedlas mellan fartyg, staber och förband där Sverige har intresse. Dessa båda uppgifter sköts året om och dygnet runt.

Sjöinformationskompaniet består av en stab, två sjöinformationsplutoner, en undervattenspaningscentral och Marinens Radio.

Kompaniet stödjer Marintaktiska staben med framförallt sjölägesinformation och sambandsresurser i deras uppgift att utöva ledning av marina förband. Sjöinformationsplutonerna ska för marintaktisk chef och Kustbevakningens behov kunna mållägesbestämma och rapportera sjömål längs hela vår kust året om dygnet runt.

Marinens Radio förmedlar genom fjärrmanövrerade radioannex information mellan fartyg, staber och förband där Sverige har intresse alltså även globalt. Marinens Radio utgör Försvarsmaktens kommunikationscentral för Rakel (FMKC) och är länken mellan militära enheter eller, mellan militära enheter och civila myndigheter (exempelvis polis, kustbevakning) vid samverkansbehov som inte är förberedda.

Kompaniet använder kontinuerligt ett stort antal sensorer för sjöövervakning, och huvuddelen av sambandsfunktionen är i drift för kompaniets inhämtning av sjölägesinformation och stöd till ledning av marina stridskrafter.

I samband med sjöräddningsinsatser ska kompaniet kunna lämna stöd till sjöräddningsledare på JRCC (Joint Rescue Coordination Centre) med sambandsresurser och lägesbild.

Sverige och Finland har ett bilateralt avtal, SUCFIS (Sea Surveillance Co-operation Finland-Sweden), avseende utbyte av sjölägesinformation i Östersjön. Utbytet verkställs av bataljonen.
Samarbetsavtal SUCBAS (Sea Surveillance Co-operation Baltic Sea) undertecknat 2009 rörande havsövervakning i Östersjön med Finland, Danmark, Estland, Litauen, Lettland, Tyskland och Polen är en utökning av SUCFIS-samarbetet. Länderna samarbetar genom utbyte av sjölägesinformation.

Sjöövervakningsverksamheten är sedan 2010 koncentrerad till Göteborg och Muskö.
Marinens Radio utför sambandsledning från Stockholmsområdet och från Karlskrona.
Undervattenspaningscentralen, UVSC, har bland annat till uppgift att bidra med information till sjölägesbilden.