Portugal drog sig ur området varpå Indonesien ockuperade detta, en handling som aldrig godkändes av Säkerhetsrådet. Kontinuerliga förhandlingar under åren kunde inte lösa problemet. Slutligen föreslog Indonesien 1998 en begränsad autonomi för Östtimor och förhandlingarna fick ny fart.
FN fick parternas förtroende att organisera en folkomröstning. UNAMET etablerades för att övervaka en övergångsperiod under vilken väljare registrerades och val genomfördes. Efter valet var UNAMET:s uppgift att övervaka genomförandet av valutgången.
Valets resultat blev att avvisa föreslagen autonomisk ställning inom Indonesien och påbörja vägen mot självständighet. Element som ville kvarstå under Indonesien påbörjade en våldsam kampanj med övervåld och plundring. Många dödades och omkring en halv miljon människor tvingades fly från sina hem.
Säkerhetsrådet överenskom med de indonesiska myndigheterna att en multinationell styrka (INTERFRET) skulle återställa ordningen. Styrkan leddes av Australien och hade till uppgift att skydda UNAMET, återställa fred och säkerhet och att underlätta humanitär hjälp till området. Under tiden organiserade FN omfattande humanitär hjälp och de indonesiska myndigheterna lämnade efter hand Östtimor och överlämnade till FN att administrera området.
Genom Säkerhetsrådets beslut 1272 (1999) skapades en FN-övergångsadministration i Östtimor (UNTAET.)