När Tony Stigsson hade häktats 2005 gjorde polisen en husrannsakan i hans hem utanför Skövde. Där hittades ett stort antal militära handlingar som inte förvarades enligt gängse regler.
Även lägenheten i Uppsala hade undersökts av polisen, men Försvarsmakten misstänkte att det kunde finnas ytterligare hemliga handlingar där. Via Stigssons adjutant, som hade nycklar till lägenheten, fick Försvarsmaktens anställda tillgång till den. Där hittades också hemliga handlingar samt videoband som plockades med efter den knappt timmes långa undersökningen.
I sitt svar till JO konstateras att Försvarsmakten borde vänt sig till åklagarmyndigheten för att få tillstånd för en husrannsakan.
Tony Stigsson hävdar i sin JO-anmälan att hans telefon avlyssnats och att hans mail och post lästs.
Försvarsmakten konstaterar att någon avlyssning inte förekommit, inte heller har hans post öppnats. Däremot har mailtrafiken kontrollerats. Att kontroll av e-post i Försvarsmaktens datorer kan ske är väl känt av anställda i Försvarsmakten och där har inget fel begåtts.
Den förre generalmajoren har också anmält till JO att han inte tillräckligt snabbt fått ut handlingar han frågat efter. Försvarsmakten medger att det tagit för lång tid att hitta och lämna ut dessa. De lämnades ut till Stigsson 2009. Ett arbete att snabba upp handläggningstiden av utlämnande av handlingar har sedan en tid tillbaka initierats och pågår.
Tony Stigsson har också anmält Försvarsmakten för kränkande särbehandling – en anmälan som enligt svaret till JO behandlades alltför långsamt. Enligt reglerna ska en person som lämnar in en sådan anmälan snabbt få hjälp – nu dröjde det över ett halvt år.