Förbandet, som de båda tillhör är för närvarande på fältövning på Skillingaryds skjutfält.
Händelsen polisanmäldes av befälet och utredning pågår.
F 17:s krishanteringsorganisation är aktiverad för att hjälpa och stödja.
– Det viktigaste just nu är att se till att de berörda får stöd och hjälp med att hantera detta, säger flottiljchef överste Mats Helgesson.
Den värnpliktige som är misstänkt för övergreppet är hemskickad och tjänstledig från sin utbildning.