Unamas mandat är baserat på FN-resolution 1401 som ursprungligen antogs 2002. Mandatet förlängdes i mars 2011 till mars 2012. Det inkluderar att i samverkan med den afghanska regeringen och andra internationella aktörer stödja nationell försoning samt uppgifter enligt Bonn-avtalet. FN-organisationerna och FN-programmen som är verksamma i Afghanistan arbetar efter fem prioriteringar – fred, försoning och reintegration, mänskliga rättigheter, lag och rätt och god samhällsstyrning, mödra- och barnhälsovård samt hållbar försörjning. Unama leder också FN:s verksamhet inom området humanitärt stöd.
Försvarsmakten tillsätter en militär rådgivare (Military Adviser) vid Unama i Kabul vars uppgift är att ge råd avseende militärrelaterade frågor.