Utbildningsverksamheten innebär bland annat att utbilda lätta dykare och hjälmdykare i Försvarsmakten, andra statliga och kommunala organisationer samt civil personal. Centrumet håller utbildning i fri uppstigning för dykare och ubåtspersonal och tar fram kursplaner för dykeriverksamheten i Försvarsmakten. Man ansvarar för utbildning i dykerimedicin och handlägger dykerimedicinska frågor.
Utöver utbildningsverksamheten gör FMDNC även prov och försök när ny dykarutrustning ska tas fram, och ansvarar för avvikelserapportering för dykmateriel i Försvarsmakten. Centret gör även haveriutredningar efter dykarolyckor.