Producera två flygutbildningsstyrkor med JAS 39 Gripen för central utbildning av Gripenpiloter, samt Transport- och specialflygenheten som är sammanhållande för allt transport- och specialflyg i Försvarsmakten. Utöver detta ansvarar flottiljen också för Försvarsmaktens Materielsystemkontor Flyg, supportgrupper för Gripen i Ungern, Tjeckien och Thailand samt har personalansvar för den svenska personalen i Heavy Airlift Wing.