Inom miljö- och hälsoskydd har Generalläkaren dessutom tillsyn över Försvarets Materielverk (FMV), Försvarets radioanstalt (FRA) och Fortifikationsverket (FORTV).
I Generalläkarens uppgifter ingår även att ge information om de olika lagrummen. Generalläkarens tillsyn sker både i Sverige och utomlands. Generalläkarens verksamhet är huvudsakligen riktad mot personal, ansvariga och beslutsfattare inom ovanstående organisationer och områden.