Ledning
Marinbaschefen med stab finns i Karlskrona. Staben stödjer marinbaschefen i frågor som berör bland annat: personal, säkerhet, logistik, beredskap, information, presstjänst, ekonomi, miljö, infrastruktur och utbildning.
Teknisk tjänst
Den tekniska tjänsten innefattar beredning, ledning och uppföljning av förebyggande och avhjälpande underhåll av fartyg och båtar. Denna avdelning stödjer också övriga marina insatsförband med alla logistiska behov.
Sjöövervakning
Sjöövervakningen bedrivs av sjöinformationskompanier på Muskö och i Göteborg. Övervakningen sker med hjälp av bland annat radar, vedettbåtar och flyg. Sjölägesbilden från de två kompanierna sammanställs till ett underlag som presenterar sjöläget runt hela den svenska kusten.
Bevakning och skydd av bas
Basskyddskompaniet, har till uppgift att säkerställa trygg basering för sjöstridskrafterna oavsett var de befinner sig. Kompaniet gör också insatser vid intrång mot skyddsobjekt och skyddar transporter.
Basskyddskompaniets kompetensresurs är markstrid, närkamp, militärpolistjänst och båtutbildning.
Hemvärns- och frivilligverksamhet
Hemvärnet med de nationella skyddsstyrkorna, utgör i dag en väsentlig del av de svenska moderna insatsförbanden för nationellt försvar. Marinbasen rekryterar och utbildar personal för Blekinge-, Kronoberg- och Kalmar län.
Utbildningsstöd
Utbildningsstödavdelning på Marinbasen stödjer garnisonens förband och Försvarsmakten i södra Sverige med trafikutbildningar, konferensanläggningar och övnings- och skjutfält.
Försvarshälsan
Försvarshälsan tillhandahåller sjukvård för alla anställda. Försvarshälsan bedriver även företagshälsovård och gör lagstadgade hälsoundersökningar till exempel för sjöpersonal, blivande dykare och för ubåtspersonal. Andra uppgifter är friskvård, rehabilitering och att hålla sjukvårdsberedskap.
Utvecklingsansvar
Marinbasen har till uppgift att ständigt utveckla de förmågor som efterfrågas så att de marina stridskrafterna och Hemvärnet får bästa möjliga förutsättningar att genomföra sin verksamhet, oavsett var de verkar.
Historik
Karlskrona örlogsbas historia är nära förknippad med staden Karlskronas historia. Få städer i Sverige har genom århundraden varit så präglade av militär närvaro som Karlskrona. Fram till 1960-talet utgjorde flottans mark nära nog hälften av den centrala staden, och än i dag är det militära inslaget i Karlskrona påfallande stort.
Då Sverige och Danmark slöt fred efter det skånska kriget 1675 till 1679 företog sig den svenske kungen Karl XI en rekognoseringsresa i Blekinge östra skärgård. Kungen beslöt att det ”Uppå Trossön skulle byggas en stad, som då fick det namn och kallades Carlscroona.” Den främsta anledningen var att flottan skulle få en permanent operationsbas närmare Danmark, som under hela 1600-talet hade varit Sveriges främsta fiende. Det behövdes vidare ett varv för både nybyggnad och reparationer, förråd och kaserner. Den nya basen var oftast isfri till skillnad från Stockholm, som dittills hade varit flottans huvudstation. Den nya staden Karlskrona fick stadsprivilegier 1680.