F 16 och F 20 i Uppsala inrättades under andra världskriget. Upplands flygflottilj, F 16, var en jaktflygflottilj mellan åren 1943 och 2003 då den lades ner. F 20 inrättades 1944 och hette då Kungliga Flygkadettskolan. Efter att ha hetat både Flygvapnets Krigsskola och Flygvapnets Krigshögskola under många år bytte F 20 namn till Flygvapnets Uppsalaskolor 1985.
F 20 var under hela sin tid ett skolförband i flygvapnet. Till en början utbildade man stridspiloter då det åren under och efter andra världskriget inte fanns plats att utbilda tillräckligt många piloter på dåvarande F 5 i Ljungbyhed i Skåne. Med åren ändrades utbildningsuppgiften att gälla även andra kategorier av officerare i flygvapnet.
F 20 innehöll från mitten av 80-talet och några år framåt i tiden hela fem olika skolor samt en utprovningsenhet för stridsledning och luftbevakning. Vid denna tid hade man inte kvar någon stridspilotutbildning på F 20, utan den flyttades till bland annat F 16. Samtliga skolor utom två avvecklades eller överfördes till andra enheter inom Försvarsmakten i slutet av 90-talet och F 20 var under en tid relativt litet.
När riksdagen fattade beslut om att lägga ner F 16 startade en mängd utredningar om vad som skulle finnas kvar av flygvapnet i Uppsala. Slutligen kom man fram till att F 20 skulle vara kvar och ta emot ytterligare verksamhet.
Försvarsbeslutet i december 2004 innebar att F 20 avvecklades och samtidigt inrättades Luftstridsskolan. I stort sett samtliga uppgifter överfördes från F 20 till Luftstridsskolan.
Den 1 januari 2006 överfördes Flygskolan till Luftstridsskolan. Flygskolan leds från Uppsala men finns fortfarande kvar i Linköping.