Utbildningen sker vid två olika utbildningsdivisioner: GFU, Grundläggande flygutbildning och GTU, Grundläggande taktisk flygutbildning. Respektive utbildning varar i tolv månader. En blivande stridspilot genomför dem båda och ägnar därmed två utbildningsår vid FlygS.
Den militära flygutbildningen vid FlygS har en ökande internationell prägel. Skolan deltar tillsammans med tio andra länder i ett europeiskt projekt som heter Advanced European Jet Pilot Training (AEJPT). Målet är att skapa förutsättningar för en gemensam europeisk stridspilotutbildning.
Flygvapnets flygskola utbildar även flyglärare och ansvarar för uppvisningsgruppen Team 60.