Försvarsmakten har med Lantmäteriverket ingått en överenskommelse kring gemensamma verksamhetsområden. Det innebär bland annat att enheten är placerad inom Lantmäteriet och därifrån försörjer Försvarsmakten med geografisk information.
Vid Geo SE finns fyra militärhandläggare – en för luft-, en för sjö- och en för markstridskrafter, samt en för internationell verksamhet. De fungerar som länk mellan Geo SE och användarna i Försvarsmakten.