FMTS ligger på flottiljområdet i Halmstad där flygflottiljen F 14 en gång låg. Sedan riksdagsbeslutet 1958 att F 14 skulle läggas ner har istället allt fler skolor flyttat till området – först Flygvapnets markstridsskola, därefter bland annat Flygvapnets tekniska skola, Basbefälskolan och Flygvapnets Officershögskola.
1999 slogs skolorna på området samman under namnet Försvarsmaktens Halmstadsskolor, FMHS. Då invigdes också Militärhögskolan Halmstad på samma område.
2004 avvecklades FMHS varpå FMTS 2005 bildades som en sammanslagning och utveckling av utbildningar från Arméns tekniska skola i Östersund, örlogsskolorna i Berga och Karlskrona och Försvarsmaktens Halmstadskolor.