Kompaniets huvudsakliga uppgifter är strid på och under ytan, sjötrafikkontroll och hamnsäkerhet.

I kompaniet ingår följande enheter:

• Bevakningsbåtpluton
• Stabstropp
• Närskyddstropp
• Trosstropp
• Sensorpluton
• Bordningstropp

Närskyddstropp

Närskyddstroppen är kompanichefens resurs i huvudsak för bevakning men även för andra typer av mark- och undervattenstridsuppdrag. Det kan innebära uppgifter såsom att fastställa status på fartyg, genomföra spaning inom kompaniet område, genomföra sjunkbombsfällning. Mångsidighet är närskyddstroppens styrka.

Enheten består av tre närskyddsgrupper som är använder sig av Stridsbåt 90H och grupp båt (Gbåt) som taktiskt transportmedel. De är dessutom utrustade med olika typer av understödsvapen såsom lätt (Ksp 58mm) och tung kulspruta (Tksp 12,7mm), prickskyttegevär (Psg 90).

De specialinriktningar som finns inom troppen är:
• Stridssjukvårdare
• Skarpskytt
• G-båtförare
• Stridbåtschef/förare

Av de tre grupperna är en bestående av kontinuerligt tjänstgörande och de andra två av tidvis tjänstgörande personal.
Tjänstgöring vid Närskyddstroppen är ett steg in i de övriga enheterna på kompaniet. Efter att ha fått utbildning och erfarenhet i de grundläggande förmågorna som t.ex. vapenhantering, spaningstjänst (O-plats), pappersvisitation ombord på fartyg m.m., så öppnas vägarna upp för att söka ledig befattning i t.ex. Sensorpluton och Bordningstroppen. De andra enheterna på kompaniet har också befattningar som kräver någon form av utbildning och förkunskaper så även dessa är sökbara. Normal amfibieuthållighet och styrka är grundkraven och flera av platserna är sökbara direkt efter den grundläggande militära utbildningen, GMU. Då enheterna är små med lite personal, krävs det god social förmåga och kamratskap samt förmåga att ta initiativ och ansvar.

Trosstroppen

Trosstroppen är kompaniets logistikfunktion med ett brett kunnande som omfattar teknisk tjänst, förnödenhetsförsörjning och sjukvård.Trosstroppen tillhandahåller bränsle till kompaniets fartyg, båtar och mobila elverk. Enheten ansvarar för den dagliga sjukvården och akutsjukvården. Trosstroppen sörjer dessutom för vatten och frystorkad mat till enheterna, transporter av personal eller materiel. De genomför dessutom undervattensarbeten, tekniskt stöd i form av reparationer och klassificering av till exempel en skrovskada. Vid sidan av dessa uppgifter löser trosstroppen markstridsuppgift i form av försvar av egen plats (gruppering) enskilt eller med stöd från delar av kompaniets närskyddstropp som är kompaniets huvudsakliga resurs vid lösande av markstridsuppgifter.

Troppen är organiserade med två omgångar (mindre antal personer) kontinuerligt tjänstgörande soldater (GSS/K) och en grupp med tidvis tjänstgörande personal
(t.ex. GSS/T).
I Trosstroppen ingår Lätt trossbåt, Stridsbåt 90H (H=halvpluton) samt Gruppbåt (G-båt) som taktiskt transportmedel och som plattform för lösandet av logistikuppgifterna.
Som anställd vid Trosstroppen utför man ett arbete som ofta kräver teknisk förståelse och kunskap, initiativförmåga, självständighet och ett visst mått av fysisk aktivitet
Som anställd vid Trosstroppen utför man ett arbete som ofta kräver teknisk förståelse och teknikkunskap, initiativförmåga, självständighet och ett visst mått av fysisk aktivitet.
Sökande till Trosstroppen behöver inte vara färdigutbildad som soldat/sjöman. Särskilda tekniska behörigheter som är efterfrågade är mycket meriterande och kan innebära att grundläggande militär utbildning (GMU) kan erhållas efter ansökan och antagning.
Efter genomförd och godkänd GMU sker en sex månader lång provanställning.

Sensorpluton

Sensorplutonen är en unik och i huvudsak nationell resurs för avancerade bevakningsuppgifter på och under havsytan i kustnära områden. Plutonen genomför detta bland annat med mobila passiva sonarer, kontrollerbara mineringar, sjunkbomber, tunga understödsvapen samt genom fast- och rörlig spaning. Vid sidan av sina huvuduppgifter är sensorplutonen Amfibiebevakningsbåtkompaniets huvudsakliga resurs vid lösande av markstridsuppgifter. Personalen är även utbildad för att kunna stödja övriga enheter inom kompaniet i deras huvudtjänster.

Två grupper är organiserade med kontrakterad personal (GSS/K) och två grupper är tidvis tjänstgörande (GSS/T). Gruppcheferna är specialistofficerare med stort eget ansvar för gruppernas lösande av uppgift.

Förbandet använder sig av Stridsbåt 90H samt G-båt som taktiskt transportmedel. Stridsbåtsbesättningar och G-båtsförare vid Sensorpluton utbildas särskilt för att kunna lösa den mängd uppgifter som utförs på plutonen. Besättningarna skall således behärska allt från taktisk transport under alla siktförhållanden och rådande hotnivåer till understöd av markförband, minfällning samt bordning.

Som anställd vid Sensorplutonen genomför man ett arbete som ofta är mycket krävande fysiskt och psykiskt. Utbildningstiden för att kunna fungera som operatör vid förbandet är lång och tidvis tekniskt avancerad varför höga krav ställs på den enskilde individen. Sökande till Sensorpluton är därför i huvudsak färdigutbildad som soldat/sjöman. Antingen genom fullgjord värnplikt eller efter en periods anställning vid något förband.

Bordningstroppen

Bordningsstyrkan är en unik resurs för nationella och internationella VBSS-uppgifter. VBSS står för Visit, Board, Search & Seizure och innebär uppgifter såsom att fastställa status på fartyg, söka efter personal eller smuggelgods eller att vara ombord baserad skyddsstyrka på handelsfartyg i hotfulla områden.
Bordningsstyrkan har sedan 2009 deltagit i internationella operationer i Adenviken, utanför Somalias kust, då styrkan hade bemanningsansvar för den bordningsenhet som fanns grupperad ombord på marinens fartyg.
Bordningsstyrkan kommer sannolikt även i framtiden att utgöra en viktig del av kommande marina insatser.
Förbandet använder sig av Stridsbåt 90H samt RIB som taktiskt transportmedel.

De special-inriktningar som finns inom Bordningsstyrkan är:
• Signalist
• Sjukvårdare
• Prickskytt
• Operatör
• Stridsbåtschef/förare

Bordningsstyrkan består av två grupper med kontrakterad personal (GSS/K). Alla chefsnivåer är officerare med stort eget ansvar för gruppernas lösande av uppgift.
Tjänstgöring vid bordningsstyrkan är ofta mycket krävande fysiskt och psykiskt, och samtliga befattningar har jägarkrav.Utbildningstiden för att kunna fungera som operatör vid förbandet är lång och höga krav på personlig färdighet ställs på den enskilde operatören. Sökande till bordningsstyrka när därför färdigutbildad som soldat med antingen genom fullgjord värnplikt eller efter en periods anställning vid något förband.