Flottiljen består av en stab, en korvettdivision, en minröjningsdivision, provturskommando för Visbykorvetter och minröjningsfartyg av Kosterklass samt en underhållsdivision. Korvetterna av Visby och Stockholmsklass har förmåga att genomföra väpnad strid till sjöss på, över och under vattenytan. Fartygens allsidighet och förmåga att med uthållighet verka såväl kustnära och i skärgården som ute till havs är internationellt eftertraktad. Korvetterna kan med sina sensorer övervaka stora havsytor och luftrum kombinerat med stor slagkraft.
De första två Visbykorvetterna HMS Härnösand och HMS Helsingborg är levererade till Försvarsmakten och bemannas av flottiljen. Korvett Visby är mycket användbar för nationella- och internationella insatser med hjälp av smygteknik, multifunktionalitet och välutbildad besättning.
Minröjningsfartygen och röjdykarna har förmåga att söka, lokalisera, identifiera, oskadliggöra och bärga föremål såsom sjöminor och oexploderad ammunition. Minröjningsfartyg typ Koster tillhör världens mest avancerade minröjningsfartyg med sensorer och förmåga till försvar, dag som natt oavsett väder.
Underhållsdivisionen har med sitt stödfartyg HMS Carlskrona och sin underhållsgrupp förmåga att stödja flottiljens fartyg. Stödfartyget kan dessutom fungera som den plattform där förbandschefen leder förbandets operativa verksamhet till sjöss. Därifrån får också övriga fartyg i Marinen och civila enheter understöd vid bland annat sjöräddnings- eller miljöinsatser.